Cytoscape

Обзор Cytoscape

Cytoscape — это платформа с открытым исходным кодом, предназначенная для визуализации сложных сетей и их интеграции с различными типами атрибутивных данных. Этот мощный инструмент служит исследователям, биоинформатикам и специалистам по данным, работающим с анализом сетей в различных областях, включая молекулярную биологию, геномику и анализ социальных сетей. Платформа обрабатывает наборы данных молекулярных и генетических взаимодействий в многочисленных форматах, позволяя пользователям проецировать и интегрировать глобальные наборы данных с функциональными аннотациями.

Доступная как в настольной, так и в веб-версии, Cytoscape предоставляет гибкие варианты развертывания для различных потребностей пользователей. Настольное приложение предлагает частную, офлайн-функциональность с доступом к расширенным функциям и рабочим процессам, в то время как веб-версия облегчает легкое сотрудничество и обмен между коллегами. Поддерживаемая категориями Инструмент для сотрудничества и Инструмент для создания карт мыслей, Cytoscape стала важным ресурсом в биоинформатических исследованиях и визуализации сетей.

Как использовать Cytoscape

Начало работы с Cytoscape включает загрузку настольного приложения с официального сайта или доступ к веб-версии прямо в вашем браузере. Пользователи могут загружать данные молекулярных взаимодействий в различных форматах, устанавливать визуальные сопоставления между наборами данных и выполнять расширенный анализ с использованием обширной экосистемы плагинов. Платформа интегрируется с NDEx (Network Data Exchange) для запросов анализа генов и предоставляет всеобъемлющие учебные пособия для изучения техник визуализации сетей. Для разработчиков Cytoscape предлагает документацию по разработке приложений для создания пользовательских плагинов и расширений.

Основные функции Cytoscape

1. Визуализация сетей – Расширенные инструменты для отображения сложных сетей с настраиваемыми макетами и стилями
2. Интеграция данных – Возможность объединять несколько типов данных и форматов в единые представления сетей
3. Экосистема плагинов – Обширная библиотека плагинов для специализированного анализа и расширения функциональности
4. Многоплатформенный доступ – Настольное приложение для офлайн-работы и веб-версия для сотрудничества
5. Поддержка биоинформатики – Специализированные инструменты для исследований в молекулярной биологии, геномике и протеомике

Примеры использования Cytoscape

• Исследовательские проекты в молекулярной и системной биологии
• Рабочие процессы анализа геномных и протеомных данных
• Анализ и визуализация социальных сетей
• Визуализация наборов данных путей, включая Reactome и KEGG
• Образование в биоинформатике и обучение исследованиям
• Приложения семантического веба и интеграция данных
• Отображение и анализ сетей генетических взаимодействий

Поддержка и контакты

Для поддержки и запросов посетите официальный сайт Cytoscape или свяжитесь по электронной почте по адресу contact@cytoscape.org. Платформа разрабатывается как проект с открытым исходным кодом с поддержкой сообщества через документацию и учебные пособия. Дополнительная контактная информация может быть найдена на сайте Консорциума Cytoscape.

Информация о компании

Cytoscape разрабатывается как проект с открытым исходным кодом, поддерживаемый Национальным ресурсом для сетевой биологии и Национальным институтом исследований генома человека. Проект работает под лицензией с открытым исходным кодом и поддерживается Консорциумом Cytoscape, который координирует разработку и поддержку сообщества для этой широко используемой биоинформатической платформы.

Вход и регистрация

Cytoscape доступна для загрузки и немедленного использования без требований регистрации. Получите доступ к настольному приложению на Скачать Cytoscape или используйте веб-версию прямо на Cytoscape Web. Для базовой функциональности не требуется вход или регистрация, что делает её легко доступной для исследователей и студентов.