Cytoscape

Cytoscape 概述

Cytoscape 是一个开源软件平台，旨在可视化复杂网络并将其与各种类型的属性数据集成。这个强大的工具服务于从事网络分析的研究人员、生物信息学家和数据科学家，涉及多个领域，包括分子生物学、基因组学和社会网络分析。该平台处理多种格式的分子和遗传相互作用数据集，同时使用户能够投影和集成具有功能注释的全局数据集。

Cytoscape 提供桌面版和网页版，为不同用户需求提供灵活的部署选项。桌面应用程序提供私密、离线的功能，并访问高级特性和工作流，而基于网页的版本便于同事之间的轻松协作和共享。在 协作工具 和 思维导图工具 类别的支持下，Cytoscape 已成为生物信息学研究和网络可视化中不可或缺的资源。

如何使用 Cytoscape

开始使用 Cytoscape 涉及从官方网站下载桌面应用程序或直接在浏览器中访问网页版本。用户可以加载多种格式的分子相互作用数据，建立跨数据集的视觉映射，并使用广泛的插件生态系统执行高级分析。该平台与 NDEx（网络数据交换） 集成，用于基因分析查询，并提供全面的教程来学习网络可视化技术。对于开发者，Cytoscape 提供应用程序开发文档，以创建自定义插件和扩展。

Cytoscape 的核心特性

1. 网络可视化 – 用于显示复杂网络的高级工具，具有可自定义的布局和样式
2. 数据集成 – 能够将多种数据类型和格式合并为统一的网络视图
3. 插件生态系统 – 广泛的插件库，用于专业分析和功能扩展
4. 多平台访问 – 桌面应用程序用于离线工作，网页版本用于协作
5. 生物信息学支持 – 用于分子生物学、基因组学和蛋白质组学研究的专业工具

Cytoscape 的使用案例

• 分子和系统生物学研究项目
• 基因组和蛋白质组数据分析工作流
• 社会网络分析和可视化
• 通路数据集可视化，包括 Reactome 和 KEGG
• 生物信息学教育和研究培训
• 语义网应用和数据集成
• 遗传相互作用网络映射和分析

支持与联系

如需支持和咨询，请访问官方 Cytoscape 网站 或通过电子邮件联系 contact@cytoscape.org。该平台作为开源项目开发，通过文档和教程获得社区支持。更多联系信息可在 Cytoscape 联盟网站 上找到。

公司信息

Cytoscape 作为一个开源项目开发，得到国家网络生物学资源和国家人类基因组研究所的支持。该项目在开源许可下运行，并由 Cytoscape 联盟维护，该联盟协调这个广泛使用的生物信息学平台的开发和社区支持。

登录与注册

Cytoscape 可供下载并立即使用，无需注册要求。访问桌面应用程序在 下载 Cytoscape 或直接在 Cytoscape Web 使用网页版本。基本功能无需登录或注册，使其对研究人员和学生易于访问。